Provinsi Maluku memiliki sumber daya alam dan sumber daya hayati yang sangat besar tetapi belum optimal dikelola dalam rangka memberdayakan dan mensejahterakan masyarakat. Hal ini disebabkan masih terbatasnya sumber daya manusia untuk mengelola dan mengembangkan sumber daya alam dan hayati tersebut. Universitas Pattimura sejak tahun 1987 telah mempersiapkan SDM dan sarana prasarana dalam mengembangkan disiplin ilmu pemuliaan tanaman dan bioteknologi melalui kerjasama dengan USAID, dengan mengikutsertakan dosen dalam program magang di dalam dan luar negeri (Florida-USA dan IPB-Indonesia) untuk mendalami bidang ilmu kultur jaringan serta membangun prasarana laboratorium kultur jaringan tanaman sebagai upaya pengembangan penelitian budidaya dan koleksi tanaman umbian (137 jenis umbian) di Maluku, baik secara in vitro maupun in situ. Perencaanaan pada bidang pemuliaan tanaman melalui pengembangan sumber daya manusia dan penguatan terhadap pembelajaran disiplin ilmu genetika dan pemuliaan dengan melibatkan Dr. Liuewe S. Anema dari Wageningen Agricultural University. Selain itu, melalui kerjasama dengan CIDA, Univeritas Pattimura mengikutsertakan staf dosen Fakultas Pertanian dalam studi lanjut di dalam dan luar negeri. Juga melalui kerja sama dengan OECF telah terbangung sejumlah laboratorium seperti laboratorium Fisiologi Tumbuhan, Genetika dan Pemuliaan Tanaman, Teknologi Benih dan Kultur Jaringan sebagai penunjang pembelajaran dan penelitian dalam disiplin ilmu pemuliaan tanaman dan bioteknologi. Pada tahun 1990 – 2007 telah terbentuk minat pemuliaan tanaman pada program studi agronomi fakultas pertanian Unpatti sebagai cikal bakal pembentukan program studi baru yang telah direncanakan sejak tahun 1987. Namun sejak tahun 2008, semua perencanaan pengembangan itu buyar. Berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 163 tahun 2007, 3 (tiga) program studi yang ada pada saat itu, masing-masing Agronomi, Ilmu Tanah dan Hama Penyakit Tanaman, difusikan menjadi program studi Agroekoteknologi. Sejak saat itu minat pemuliaan tanaman tidak lagi merupakan minat keilmuan di Fakultas Pertanian Unpatti.
Terbitnya Peraturan Menteri (Permen) Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 154 tahun 2014 tentang Rumpun Ilmu Pengetahuan dan Teknologi serta Gelar Lulusan Perguruan Tinggi, dan Permendibud Nomor 73 tahun 2013 tentang penerapan KKNI bidang pendidikan tinggi, telah memberi ruang dan harapan untuk mengembangkan minat pemuliaan tanaman kembali menjadi suatu program studi pada Fakultas Pertanian Unpatti. Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman terletak pada level 6 KKNI, dan nomenklatur Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman termasuk dalam rumpun ilmu terapan yang mengkaji dan mendalami aplikasi ilmu pertanian bagi kehidupan manusia. Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman memiliki kode program studi 6-1-6-01-03-02. Atas dasar kedua permen ini, dan studi pelacakan yang dilakukan terhadap sampel siswa SMA pada beberapa SMA di Kota Ambon dan stakeholder bidang pertanian di kota Ambon, Fakultas Pertanian merencanakan untuk membuka kembali Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman. Hasil kajian ini, yang akan diperlihatkan kemudian dalam Kriteria 3 mengenai mahasiswa dan lulusan, memperlihatkan pentingnya pemuliaan tanaman bagi stakeholder bidang pertanian, dan harapan munculnya industri perbenihan di Maluku. Sebaliknya, siswa SMA kurang mengenal pemuliaan tanaman karena hampir tidak diuraikan dalam kurikulum tingkat SMA, tetapi lebih tertarik untuk belajar bioteknologi tanaman. Bioteknologi tanaman merupakan salah satu tools penting dalam pemuliaan, khususnya untuk menciptakan keragaman genetik baru di luar gene pools suatu tanaman, dan mengidentifikasi polimorfisme tanaman hingga level DNA. Rekomendasi stakeholder bidang pertanian kepada Dekan Fakultas Pertanian Unpatti masing-masing Perhimpunan Ilmu Pemuliaan Indonesia (PERIPI) No. 06/B/PP-PERIPI/II/2016, Balai Penelitian Tanaman Serealia No. 351/TU.200/I.2.3/03/2016, Balai Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan Ambon No. 923/HM.130/E9/02/2016, Dinas Pertanian Provinsi Maluku No. TU.210.16.276, Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Maluku No. 63/RC.040//I.12.27/02/2015, Dinas Pertanian Kabupaten Maluku Tenggara Barat No. 521.01/U/88/2016, dan Dinas Pertanian & Kehutanan Kota Tual No. 067/900/111/2016 untuk membuka Program Studi Pemuliaan Tanaman (dan Bioteknologi) pada Fakultas Pertanian Unpatti. Namun, berdasarkan Permendikbud No. 154 tahun 2014 dan Permendikbud Nomor 73 tahun 2013 yang telah disebutkan di atas, dan bahwa bioteknologi merupakan tools dalam pemuliaan tanaman, maka nama program studi ini tetap disebut Program Studi Pemuliaan Tanaman, dengan dua konsentrasi disiplin ilmu yaitu Konsentrasi Pemuliaan Tanaman dan Konsentrasi Bioteknologi.
Program studi S1 Pemuliaan Tanaman pada Fakultas Pertanian Unpatti diharapkan dapat menghasilkan sumberdaya manusia berkompeten, handal, berkarakter dan berbudaya dalam pengelolaan sumber daya hayati yang sekaligus dapat bersaing dalam era globalisasi dan Masyarakat Ekonomi ASEAN (MEA). Rancangan Pembukaan Program Studi baru mengacu pada renstra Unpatti Tahun 2015-2019 (halaman 10) yang memuat rencana pembukaan program studi baru. Realitas yang dikemukakan di atas menunjukkan bahwa Universitas Pattimura selalu berupaya membangun sumberdaya manusia bermutu untuk menjawab semua tantangan dan kebutuhan pembangunan di Maluku, nasional dan internasional. Berdasarkan Permen dan Renstra Unpatti sebagai salah satu acuan pembukaan program studi baru, Universitas Pattimura sebagai salah satu Universitas Negeri yang berada di Provinsi Maluku yang telah berdiri sejak tahun 1963, menetapkan pembukaan Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman melalui dukungan Senat Akademik Universitas Pattimura tanggal 16 Februari 2016 dan Izin Pembukaan Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman oleh Rektor Universitas Pattimura yang legalitasnya tertuang dalam surat No. 1183/UN13/LL/2016.
Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman akhirnya dibuka oleh Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi pada Fakultas Pertanian Universitas Pattimura berdasarkan Izin Pembukaan oleh Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia No.: 223/KPT/I/2017 pada tanggal 16 April 2017. Berdasarkan izin ini, Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman mulai menerima mahasiswa baru pada Tahun Akademik 2017/2018 melalui Jalur Test Mandiri (dilakukan secara lokal oleh Universitas Pattimura) dan berhasil mendapatkan dan mendidik mahasiswa baru sebanyak 13 orang. Mereka menjadi embrio awal kelahiran dan kebangkitan Program Studi S1 Pemuliaan Tanaman di Maluku.